两个警察在草坪上发现了一个小孩，原来这个小孩就是被喂下药的工藤新一。变小的新一趁着警察不注意偷偷的跑了。
跑着跑着新一就被自己的裤子绊倒摔了出去，新一爬起来看着镜子里变小的自己被吓一跳。他回想了一下，才发现是因为黑衣人的药导致的。
镜头一转，新一已经跑到了家门口，可是因为身体变小的原因别自己家的门都无法打开。这个时候，住在新一家隔壁的阿笠博士做实验刚好墙炸开了。
新一马上跑过去跟阿笠博士说自己就是工藤新一，可是阿笠博士一点也没有要相信的意思。没有办法的新一只能说出了阿笠博士的一些信息来证明，新一竟然知道阿笠博士上的痣长了一颗毛，然后新一就跟阿笠博士说了这件事情的具体经过。
阿笠博士分析了一下之后，说是因为药物没有发明完整才导致这种奇怪的作用的。阿笠博士跟新一说这件事千万不能跟任何人说，包括小兰，不然将会非常的危险。
就在这个时候跑过来找新一的小兰突然过来了，新一马上躲了起来，可是小兰还是发现了躲在后面的新一。阿笠博士没有办法就说新一是他远房亲戚的孩子。
小兰问新一叫什么名字，他差一点就说漏嘴，看了一下书架上的书后，给自己起了一个新名字:江户川柯南。而且阿笠博士把柯南寄住在小兰家。
小兰和柯南一回到家，小兰的爸爸毛利小五郎因为接了一个案子出门，柯南和小兰一起跟了过去。
一行人来到了案发现场，原来是一个公司董事长的女儿被绑架了。柯南边分析案情边踢球的时候，不小心把球踢进了一个草丛中，草丛里面的狗对着柯南就扑了上来，然后董事长说这条狗看到外人都会叫。这句话提醒了柯南和毛利小五郎，随后就发现了绑架小女孩的就是管家麻生先生。
就在众人都以为案子就这样破了的时候，柯南却认为事情并没有这么结束。
果不其然，董事长的千金又被另外一个人绑架了，并且索要三亿现金。电话里传来小女孩的声音，并且说是学校的仓库，而且可以看到大烟囱。
柯南拿出地图进行了一番分析后，骑着巨无霸就跑了出去。对周围的学校找了一遍都没有发现了符合的地方。
这时候柯南突然看到了一栋大楼，发现原来小女孩看的烟囱并不是真的烟囱，而是由于角度问题看起来像烟囱的大楼，接着柯南就找到了小女孩，并且放居无霸咬绑架凶手，但是凶手却把巨无霸打跑了。
身体变小的柯南完全不是凶手的对手，就在柯南即将被凶手杀害的时候，小兰突然出现把绑架的歹徒一顿狂揍就给制服了。
后来通过了解后才发现是这个小女孩因为想要他爸爸多陪她，才想到要管家假装绑架自己来要挟自己的父亲关闭公司的。
